GeST：构建用于学习细胞空间上下文的生成式预训练Transformer

郝明生, 严楠, 卞海阳, 陈奕鑫, 顾瑾, 魏磊, 张雪工; 第20届计算生物学机器学习会议论文集, PMLR 311:1-11

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TCR-ECHO：具有理化偏见的层次化TCR-肽结合预测的进化交叉注意力

Tapanmitra Ravi, Irene M Ong; 第20届计算生物学机器学习会议论文集, PMLR 311:12-27

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通过熵最小化最优传输进行无监督进化细胞类型匹配

乔牧; 第20届计算生物学机器学习会议论文集, PMLR 311:28-43

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PerTurboAgent：基于LLM的用于设计迭代扰动-Seq实验的智能体

郝明生, Lee Yongju, Wang Hanchen, Scalia Gabriele, Regev Aviv; 第20届计算生物学机器学习会议论文集, PMLR 311:44-64

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CN-SBM：用于原发和残留拷贝数变异的分类区块建模

Lam Kevin, Daniels William, Douglas Maxwell, Lai Daniel, Aparicio Samuel, Bloem-Reddy Benjamin, Park Yongjin; 第20届计算生物学机器学习会议论文集, PMLR 311:65-80

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稀疏自编码器能否理解基因表达潜在变量模型？

Schuster Viktoria; 第20届计算生物学机器学习会议论文集, PMLR 311:81-94

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用于预测启动子插入缺失效应的DNA基础模型

Shearer Courtney, Orenbuch Rose, Teufel Felix, Steinmetz Christian, Ritter Daniel, Xie Erik, Gazizov Artem, Spinner Aviv, Dias Mafalda, Frazer Jonathan, Notin Pascal, Marks Debora; 第20届计算生物学机器学习会议论文集, PMLR 311:95-127

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多模态机器学习揭示影响亨廷顿舞蹈症的上下文相关遗传修饰因子

Abante Jordi, Fuses Caterina; 第20届计算生物学机器学习会议论文集, PMLR 311:128-147

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GOLF：用于预测Myocilin OLF变异致病性的生成式AI框架

Walton Thomas, Tsui Darin, Aghazadeh Amirali, Lieberman Raquel, Fogel Lauren, Chagas Rafael, Huard Dustin; 第20届计算生物学机器学习会议论文集, PMLR 311:148-161

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用于单细胞显微镜的表征学习方法受到背景细胞的混淆

Gupta Arushi, Moses Alan, Lu Alex; 第20届计算生物学机器学习会议论文集, PMLR 311:162-177

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动物脑电信号中的自动癫痫发作检测

Ganguly Shreyan, Jiang Zhanhong, Massey Nyzil, Rao Nikhil Sanjay, Thippeswamy Thimmasettappa, Sarkar Soumik; 第20届计算生物学机器学习会议论文集, PMLR 311:178-188

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利用DNA基础模型进行植物基因组中跨物种转录因子结合位点预测

Haghani Maryam, Dhulipalla Krishna vamsi, Li Song; 第20届计算生物学机器学习会议论文集, PMLR 311:189-198

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基于AI的组织病理学表型揭示塑造乳腺癌形态的生殖系基因座

Chaudhary Shubham, Voigts Almut, Vilov Sergey, Heinig Matthias, Casale Francesco Paolo; 第20届计算生物学机器学习会议论文集, PMLR 311:199-212

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用于去噪单细胞Hi-C数据的变分图自动编码器

Shokraneh Kenari Neda, Libbrecht Maxwell; 第20届计算生物学机器学习会议论文集, PMLR 311:213-229

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解决个性化联合药物筛选的冷启动问题

Mathelin Antoine de, Tosh Christopher, Tansey Wesley; 第20届计算生物学机器学习会议论文集, PMLR 311:230-239

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体细胞超突变信息词汇编码表示

Im Chiho, Mikelov Artem, Zhao Ryan, Kundaje Anshul, Boyd Scott; 第20届计算生物学机器学习会议论文集, PMLR 311:240-250

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自我反思的上下文学习增强了T细胞受体生成，用于新型表位

Zhang Pengfei, Prabhu Sonal, Grama Gloria, Bang Seojin, Lee Heewook; 第20届计算生物学机器学习会议论文集, PMLR 311:251-269

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BIRDccNEST：具有推断的定向细胞网络的单细胞特征的可解释性

Cicekli Gizem, Samanta Adrita, Zhu Hao, Slonim Donna; 第20届计算生物学机器学习会议论文集, PMLR 311:270-279

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利用潜在蛋白质语言模型特征进行功能注释

Jacob Silberg, Elana Simon, James Zou; 第20届计算生物学机器学习会议论文集, PMLR 311:280-293

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利用多模态DNA特征增强DNABERT嵌入，以改进调控序列的解释

Nimisha Papineni, Pratik Dutta, Max Chao, Orbin Acanto, Rekha Sathian, Pallavi Surana, Ramana Davuluri; 第20届计算生物学机器学习会议论文集, PMLR 311:294-303

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针对pMHC-I结合预测，持续领域特定预训练蛋白质语言模型

Sergio Mares, Ariel Espinoza, Nilah Ioannidis; 第20届计算生物学机器学习会议论文集, PMLR 311:304-325

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F-MoDA：基于傅里叶变换的归因图中高效基序发现

Ofir Yaish, Yaron Orenstein; 第20届计算生物学机器学习会议论文集, PMLR 311:326-335

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