MT2:用于半监督细胞分割的多任务平均教师模型

张斌宇,董俊豪,赵志成,孟 Zhu,苏飞
多模态高分辨率显微图像细胞分割挑战赛论文集,PMLR 212:1-13,2023。

摘要

细胞分割对于生物和生物医学研究中的下游单细胞分析至关重要。最近,基于监督学习的图像分割方法取得了令人鼓舞的结果。然而,大多数方法依赖于密集的人工标注,这对于细胞分割来说极其耗时且昂贵。此外,现有方法通常针对特定模态进行训练,泛化能力较差。在本文中,提出了一种新颖的半监督细胞分割方法,用于分割来自多种模态的显微图像。具体而言,将平均教师模型引入到多任务学习框架中,命名为多任务平均教师模型(MT$^{2}$),其中分类头和回归头都被用于提高预测性能。此外,提出了新的数据增强和多尺度推理策略,以增强鲁棒性和泛化能力。在NeurIPS 2022细胞分割挑战赛的调优集上进行定量评估,我们的方法实现了0.8690的F1分数,这证明了所提出的半监督学习方法的有效性。代码可在\url{https://github.com/djh-dzxw/MT2}获取。

引用本文


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@InProceedings{pmlr-v212-zhang23a, title = {MT2:用于半监督细胞分割的多任务平均教师模型}, author = {Zhang, Binyu and Dong, Junhao and Zhao, Zhicheng and Meng, Zhu and Su, Fei}, booktitle = {多模态高分辨率显微图像细胞分割挑战赛论文集}, pages = {1--13}, year = {2023}, editor = {Ma, Jun and Xie, Ronald and Gupta, Anubha and Guilherme de Almeida, José and Bader, Gary D. and Wang, Bo}, volume = {212}, series = {机器学习研究论文集}, month = {28 Nov--09 Dec}, publisher = {PMLR}, pdf = {https://pmlr.com.cn/v212/zhang23a/zhang23a.pdf}, url = {https://pmlr.com.cn/v212/zhang23a.html}, abstract = {细胞分割对于生物和生物医学研究中的下游单细胞分析至关重要。最近,基于监督学习的图像分割方法取得了令人鼓舞的结果。然而,大多数方法依赖于密集的人工标注,这对于细胞分割来说极其耗时且昂贵。此外,现有方法通常针对特定模态进行训练,泛化能力较差。在本文中,提出了一种新颖的半监督细胞分割方法,用于分割来自多种模态的显微图像。具体而言,将平均教师模型引入到多任务学习框架中,命名为多任务平均教师模型(MT$^{2}$),其中分类头和回归头都被用于提高预测性能。此外,提出了新的数据增强和多尺度推理策略,以增强鲁棒性和泛化能力。在NeurIPS 2022细胞分割挑战赛的调优集上进行定量评估,我们的方法实现了0.8690的F1分数,这证明了所提出的半监督学习方法的有效性。代码可在\url{https://github.com/djh-dzxw/MT2}获取}} }
Endnote
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张,B.,董,J.,赵,Z.,孟,Z. & 苏,F.(2023)。MT2:用于半监督细胞分割的多任务平均教师模型。多模态高分辨率显微图像细胞分割挑战赛论文集,收录于机器学习研究论文集 212:1-13。可从 https://pmlr.com.cn/v212/zhang23a.html 获取。

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